Μεγάλο πρόβλημα φαίνεται να έχει δημιουργηθεί στην ΑΕΝ Οινουσσών από την έλλειψη καπετάνιων καθηγητών με αποτέλεσμα οι σπουδαστές της ακαδημίας όλων των ετών να αντιμετωπίζουν πολλαπλά προβλήματα. Σύμφωνα με την ανακοίνωση του συλλόγου Σπουδαστών ΑΕΝ Οινουσσών « από την εξεταστική του Σεπτεμβρίου που πήγαν οι σπουδαστές σε όλα τα έτη για να δώσουν εξετάσεις δεν υπάρχουν επαρκείς καπετάνιοι – πλοίαρχοι Α’ στα τμήματα. Σύμφωνα με τους ίδιους υπάρχουν δύο καπετάνιοι για 150 περίπου σπουδαστές που χωρίζονται σε 6 τμήματα. Οι σπουδαστές της Ακαδημίας Εμπορικού Ναυτικού Πλοιάρχων Οινουσσών σε συνεργασία με τη διοίκηση του Λιμενικού Χίου και τη διεύθυνση της ίδιας της Ακαδημίας έχουν αποστείλει αίτημα πρόσληψης καπετάνιων – καθηγητών στην ΠΕΠΕΝ και στο υπουργείο Ναυτιλίας αλλά δεν έλαβαν καμία απάντηση στο αίτημα τους. Τα μαθήματα που παραδίδονται από τους δύο καπετάνιους που διδάσκουν στη σχολή είναι από μία ώρα την ημέρα ή καμία με αποτέλεσμα μέσω της χαμηλής ταχύτητας διδασκαλίας να μην αναπληρώνονται οι διδακτικές ώρες, οι τελειόφοιτοι να μην μπορούν να μπαρκάρουν τον προσεχή Φλεβάρη και οι πρωτοετείς και το 3ο έτος να μην προχωρούν στα επόμενα εξάμηνα. Οι σπουδαστές σημειώνουν ότι υπάρχουν διαθέσιμοι συνταξιούχοι καπετάνιοι που μπορούν να διδάξουν αλλά δεν δηλώνουν τη διαθεσιμότητα τους λόγω του ότι ο κρατικός μηχανισμός αυτόματα κόβει μέρος της σύνταξης τους. Οι ίδιοι τονίζουν ότι τη δεδομένη στιγμή υπάρχουν πλοίαρχοι Α’ κατηγορίας που βρίσκονται σε συνταξιοδότηση και συνεργάζονται με την ακαδημία χωρίς την φυσική τους παρουσία λόγω της περικοπής της σύνταξης τους», καταλήγει η ανακοίνωση του συλλόγου σπουδαστών της ΑΕΝ Οινουσσών. Οι σπουδαστές απαιτούν να βρεθεί μία λύση σε συνεννόηση με το υπουργείο και οι εκάστοτε καπετάνιοι να ασκήσουν την διδασκαλία τους στην σχολή χωρίς να τους ασκείται κάποια οικονομική επιβάρυνση. Υπογραμμίζουν επίσης ότι δεν μάχονται απέναντι στους καπετάνιους – καθηγητές του αλλά απέναντι στον αρμόδιο κρατικό μηχανισμό που τους αγνοεί και δεν ενδιαφέρεται για την σωστή και ομαλή φοίτηση τους, κάνοντας αίτηση από πλευράς τους για την εύρεση της χρυσής τομής ανάμεσα σε διδακτικό προσωπικό και υπουργείο.